Grupos de investigación - ENFERMEDADES CRÓNICAS

Unidad de biología computacional


Investigador responsable: Victoria López Alonso. victorialopez@isciii.es

Entidad: Instituto de Salud Carlos III. UFIEC

Investigador:

  • Luis García Albert. ISCIII
  • Aplicación de métodos computacionales para análisis e interpretación de datos ómicos en el estudio de enfermedades crónicas.
  • Aplicación y desarrollo de métodos computacionales y herramientas de informática biomédica para posibilitar la integración de datos ómicos con datos clínicos.
  • Búsqueda de marcadores diagnósticos mediante ensayos multiplex.
  • Papel fisiológico de la proteína Shoc2/Sur8 y estudio de su implicación en patologías humanas. Ministerio de Economia y Competitividad. SAF2016-78852-R. 2017-2020.
  • New therapeutic strategies for resistant colorectal cancer. CGB14142035THOM. Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer. 01/04/2015 - 01/04/2021.
  • MicroRNAs y marcadores de metabolismo lipídico como potencial enlace entre la disfunción vascular y la patofisiología de la enfermedad de Alzheimer. SAF2016-78603-R. 2017-2020.
  • ELA-BASE: Una cohorte para un estudio piloto longitudinal de Medicina de Precisión en Esclerosis Lateral Amiotrófica (ELA). UFIECPY 354/19-TS.Actividad Singular dentro del Programa de prestación de servicios científico-técnicos en los centros del ISCIII. Programa Intramural 2019. 2020-2022.
  • Lopez-Alonso, V., Ortiz, S., Martinez-Suarez, J. Analysis of Benzalkonium Chloride Resistance and Potential Virulence of Listeria Monocytogenes Isolates Obtained From Different Stages of a Poultry Production Chain in Spain.  J Food Prot. 2020;83(3):443-451. doi: 10.4315/0362-028X.JFP-19-289. IF:  1,559 / FOOD SCIENCE & TECHNOLOGY / Q3 
  • van der Spek R.A.A., van Rheenen W., Pulit S.L., Kenna K.P., van den Berg L.H., Veldink J.H., on behalf of the Project MinE ALS Sequencing Consortium. The Project MinE databrowser: bringing large-scale whole-genome sequencing in ALS to researchers and the public. Amyotrophic Lateral Sclerosis and Frontotemporal Degeneration. 2019;20:432-440. doi: 0.1080/21678421.2019.1606244. IF: 2,883 / CLINICAL NEUROLOGY / Q2 
  • Tazelaar G.H.P., Dekker A.M., van Vugt J.J.F.A., van der Spek R.A., Westeneng H.-J., et al. Association of NIPA1 repeat expansions with amyotrophic lateral sclerosis in a large international cohort Neurobiology of Aging. 2019;74:234.e9-234.e15. doi: 10.1016/j.neurobiolaging.2018.09.012.  IF: 4,398 / NEUROSCIENCES / Q1 
  • Martínez-Suárez JV, Ortiz S, López-Alonso V. Potential Impact of the  Resistance  to  Quaternary  Ammonium  Disinfectants  on  the  Persistence of Listeria monocytogenes in Food Processing Environments. Frontiers in Microbiology. 2016;7:638. doi: 10.3389/fmicb.2016.00638. IF:  4,076 / MICROBIOLOGY / Q1 
  • Ortiz S, López-Alonso* V,  Rodríguez   P,   Martínez-Suárez*   JV. The Connection Between Persistent, Disinfectant-Resistant Listeria Monocytogenes Strains From Two Geographically Separate Iberian Pork Processing Plants: Evidence From Comparative Genome Analysis.  Appl Environ Microbiol. 2015;82(1):308-17. doi: 10.1128/AEM.02824-15. FI:  3,823 /  BIOTECHNOLOGY & APPLIED MICROBIOLOGY / Q1 
  • Análisis de resultados de NGS: RNAseq, variantes genómicas y epigenómicas.
  • Análisis de microarrays.
  • Análisis funcional y de bilogía de sistemas.
  • Análisis bioestadísticos.
  • Bases de datos biomédicas.
  • Laboratorio de trabajo con equipos informáticos.
  • Estaciones de trabajo con Ubuntu y acceso al Cloud Computing del ISCIII.
  • Software disponible en R/Bioconductor. Gestores de bases de datos relacionales (mySql, PostgreSql) y no relacionales (MongoDB).