Aplicación de métodos computacionales para análisis e interpretación de datos ómicos en el estudio de enfermedades crónicas.
Aplicación y desarrollo de métodos computacionales y herramientas de informática biomédica para posibilitar la integración de datos ómicos con datos clínicos.
Búsqueda de marcadores diagnósticos mediante ensayos multiplex.
Papel fisiológico de la proteína Shoc2/Sur8 y estudio de su implicación en patologías humanas. Ministerio de Economia y Competitividad. SAF2016-78852-R. 2017-2020.
New therapeutic strategies for resistant colorectal cancer. CGB14142035THOM. Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer. 01/04/2015 - 01/04/2021.
MicroRNAs y marcadores de metabolismo lipídico como potencial enlace entre la disfunción vascular y la patofisiología de la enfermedad de Alzheimer. SAF2016-78603-R. 2017-2020.
ELA-BASE: Una cohorte para un estudio piloto longitudinal de Medicina de Precisión en Esclerosis Lateral Amiotrófica (ELA). UFIECPY 354/19-TS.Actividad Singular dentro del Programa de prestación de servicios científico-técnicos en los centros del ISCIII. Programa Intramural 2019. 2020-2022.
Lopez-Alonso, V., Ortiz, S., Martinez-Suarez, J. Analysis of Benzalkonium Chloride Resistance and Potential Virulence of Listeria Monocytogenes Isolates Obtained From Different Stages of a Poultry Production Chain in Spain. J Food Prot. 2020;83(3):443-451. doi: 10.4315/0362-028X.JFP-19-289. IF: 1,559 / FOOD SCIENCE & TECHNOLOGY / Q3
van der Spek R.A.A., van Rheenen W., Pulit S.L., Kenna K.P., van den Berg L.H., Veldink J.H., on behalf of the Project MinE ALS Sequencing Consortium. The Project MinE databrowser: bringing large-scale whole-genome sequencing in ALS to researchers and the public. Amyotrophic Lateral Sclerosis and Frontotemporal Degeneration. 2019;20:432-440. doi: 0.1080/21678421.2019.1606244. IF: 2,883 / CLINICAL NEUROLOGY / Q2
Tazelaar G.H.P., Dekker A.M., van Vugt J.J.F.A., van der Spek R.A., Westeneng H.-J., et al. Association of NIPA1 repeat expansions with amyotrophic lateral sclerosis in a large international cohort Neurobiology of Aging. 2019;74:234.e9-234.e15. doi: 10.1016/j.neurobiolaging.2018.09.012. IF: 4,398 / NEUROSCIENCES / Q1
Martínez-Suárez JV, Ortiz S, López-Alonso V. Potential Impact of the Resistance to Quaternary Ammonium Disinfectants on the Persistence of Listeria monocytogenes in Food Processing Environments. Frontiers in Microbiology. 2016;7:638. doi: 10.3389/fmicb.2016.00638. IF: 4,076 / MICROBIOLOGY / Q1
Ortiz S, López-Alonso* V, Rodríguez P, Martínez-Suárez* JV. The Connection Between Persistent, Disinfectant-Resistant Listeria Monocytogenes Strains From Two Geographically Separate Iberian Pork Processing Plants: Evidence From Comparative Genome Analysis. Appl Environ Microbiol. 2015;82(1):308-17. doi: 10.1128/AEM.02824-15. FI: 3,823 / BIOTECHNOLOGY & APPLIED MICROBIOLOGY / Q1
Análisis de resultados de NGS: RNAseq, variantes genómicas y epigenómicas.
Análisis de microarrays.
Análisis funcional y de bilogía de sistemas.
Análisis bioestadísticos.
Bases de datos biomédicas.
Laboratorio de trabajo con equipos informáticos.
Estaciones de trabajo con Ubuntu y acceso al Cloud Computing del ISCIII.
Software disponible en R/Bioconductor. Gestores de bases de datos relacionales (mySql, PostgreSql) y no relacionales (MongoDB).
