• Epidemiología molecular del VIH-1. Esta línea incluye estudios de filodinámica y filogeografía, caracterización de formas genéticas de VIH-1, identificación de nuevas formas recombinantes circulantes y únicas, identificación de clusters de trasmisión y análisis de correlaciones entre variables epidemiológicas y formas genéticas o clusters del VIH-1. Estos datos pueden ser de utilidad para la implementación de medidas de salud pública destinadas al control de la epidemia de VIH.
• Resistencias frente a antirretrovirales del VIH-1. La Unidad de Biología y Variabilidad del VIH recibe muestras de diferentes hospitales del Sistema Nacional de Salud para el análisis de mutaciones de resistencia frente a fármacos antirretrovirales, permitiendo el estudio de la frecuencia de resistencias transmitidas y su propagación en clusters de transmisión, información de potencial utilidad en salud pública.
• Estudios sobre la envuelta del VIH-1. Esta línea incluye la predicción genotípica y testado fenotípico del uso de correceptores por el VIH-1, así como la generación de clones funcionales de la envuelta de diferentes formas genéticas y clusters del VIH-1 para su depósito en repositorios de reactivos del VIH, principalmente destinados a su uso en ensayos de neutralización relacionados con el desarrollo de vacunas.
• Estudio de características genéticas virales asociadas al control de la replicación del VIH-1 en controladores de élite. En esta línea se analizan secuencias de VIH-1 de infecciones que mantienen cargas virales indetectables de forma persistente, en ausencia de tratamiento antirretroviral, con el fin de determinar las características genéticas virales asociadas al control de la replicación.

Vigilancia epidemiológica molecular de la infección por VIH-1 en España y su aplicación en salud pública y en investigaciones biológicas. IP: Miguel Thomson. Co-IP: Elena Delgado. Organismo financiador: Instituto de Salud Carlos III. Proyectos de Acción Estratégica en Salud Intramural (AESI). Financiación: 72.000 €. Duración: 01/01/2023 - 31/12/2025. Nº de expediente: PI22CIII/00065.

Epidemiología molecular del VIH-1 en España y su utilidad para investigaciones biológicas y en vacunas.  IP: Miguel Thomson; Co-IP: Elena Delgado. Organismo financiador: Instituto de Salud Carlos III. Proyectos de Acción Estratégica en Salud Intramural (AESI). Financiación: 114.500 €. Duración: 01/01/2020 – 30/06/2024. Nº de Expediente: PI19CIII/00042.

Red Española de Investigación en Sida. IP: José Alcamí (de la Red); Miguel Thomson (del grupo). Organismo financiador: Instituto de Salud Carlos III. Proyectos de Acción Estratégica en Salud Intramural (AESI). (RD16ISCIII/0002/0004). Financiación: 195.212 €. Duración: 01/01/2017 – 31/12/2022. Nº de Expediente: RD16ISCIII/0002/0004.

Bacqué J, Delgado E, Gil H, Ibarra S, Benito S, García-Arata I, Moreno- Lorenzo M, de Adana ES, Gómez-González C, Sánchez M, Montero V, Thomson MM. Identification of a HIV-1 circulating BF1 recombinant form (CRF75_BF1) of Brazilian origin that also circulates in Southwestern Europe. Front Microbiol. 2023; 14:1301374. doi: 10.3389/fmicb.2023.1301374.

Nchinda N, Elangovan R, Yun J, Dickson-Tetteh L, Kirtley S, Hemelaar J; WHO- UNAIDS Network for HIV Isolation and Characterisation. Global associations of key populations with HIV-1 recombinants: a systematic review, global survey, and individual participant data meta-analysis. Front Public Health. 2023; 11:1153638. doi: 10.3389/fpubh.2023.1153638.

Gil H, Delgado E, Benito S, Moreno-Lorenzo M, Thomson MM; Spanish Group for the Study of Antiretroviral Drug Resistance. Factors associated with HIV-1resistance to integrase strand transfer inhibitors in Spain: Implications for dolutegravir-containing regimens. Front Microbiol. 2022; 13:1051096. doi: 10.3389/fmicb.2022.1051096.

Cañada-García JE, Delgado E, Gil H, Benito S, Sánchez M, Ocampo A, Cabrera JJ, Miralles C, García-Bodas E, Mariño A, Ordóñez P, Gude MJ, Ezpeleta C, Thomson MM. Viruses previously identified in Brazil as belonging to HIV-1 CRF72_BF1 represent two closely related circulating recombinant forms, one of which, designated CRF122_BF1, is also circulating in Spain. Front Microbiol. 2022; 13:863084. doi: 10.3389/fmicb.2022.863084.

Hill G, Pérez-Losada M, Delgado E, Benito S, Montero V, Gil H, Sánchez M, Cañada-García JE, García-Bodas E, Crandall KA, Thomson MM; Spanish Group for the Study of New HIV Diagnoses. The origin, epidemiology, and phylodynamics of human immunodeficiency virus type 1 CRF47_BF. Front Microbiol. 2022; 13:863123. doi: 10.3389/fmicb.2022.863123.

Gil H, Delgado E, Benito S, Georgalis L, Montero V, Sánchez M, Cañada-García JE, García-Bodas E, Díaz A, Thomson MM; Members of the Spanish Group for the Study of New HIV Diagnoses. Transmission clusters, predominantly associated with men who have sex with men, play a main role in the propagation of HIV-1 in northern Spain (2013-2018). Front Microbiol. 2022; 13:782609. doi: 10.3389/fmicb.2022.782609.

Bacqué J, Delgado E, Benito S, Moreno-Lorenzo M, Montero V, Gil H, Sánchez M, Nieto-Toboso MC, Muñoz J, Zubero-Sulibarria MZ, Ugalde E, García-Bodas E, Cañada JE, Del Romero J, Rodríguez C, Rodríguez-Avial I, Elorduy-Otazua L, Portu JJ, García-Costa J, Ocampo A, Cabrera JJ, Thomson MM. Identification of CRF66_BF, a new HIV-1 circulating recombinant form of South American origin. Front Microbiol. 2021; 12:774386. doi: 10.3389/fmicb.2021.774386.

Rudometova NB, Shcherbakova NS, Shcherbakov DN, Mishenova EV, Delgado E, Ilyichev AA, Karpenko LI, Thomson MM. Genetic diversity and drug resistance mutations in reverse transcriptase and protease genes of HIV-1 isolates from southwestern Siberia. AIDS Res Hum Retroviruses. 2021 S; 37(9):716-723. doi: 10.1089/AID.2020.0225.

Delgado E, Fernández-García A, Pérez-Losada M, Moreno-Lorenzo M, Fernández-Miranda I, Benito S, Montero V, Gil H, Hernáez S, Muñoz J, Zubero-Sulibarria MZ, García-Bodas E, Sánchez M, Del Romero J, Rodríguez C, Elorduy L, Bereciartua E, Culebras E, Rodríguez-Avial I, Giménez-Alarcón ML, Martín-Salas C, Gómez-González C, García-Irure JJ, Cenzual G, Martínez-Sapiña A, Maiques-Camarero M, Pérez-Álvarez L, Thomson MM. Identification of CRF89_BF, a new member of an HIV-1 circulating BF intersubtype recombinant form family widely spread in South America. Sci Rep. 2021; 11(1):11442. doi: 10.1038/s41598-021-90023-x.

• Extracción de ácidos nucleicos (ARN y ADN).
• Amplificación de ácidos nucleicos mediante (RT-)PCR.
• Secuenciación Sanger y secuenciación masiva.
• Producción de aislados primarios del VIH-1.
• Clonaje y testado funcional de envueltas del VIH-1.
• Predicción genotípica y determinación fenotípica de uso de correceptores por el VIH-1.
• Determinación genotípica de resistencias a antirretrovirales.
• Análisis filogenéticos y filodinámicos.
• Análisis estadísticos de correlaciones epidemiológicas.

• Laboratorios P2 y P3.
• Equipos disponibles:
  • Termocicladores
  • Equipo de extracción de ácidos nucleicos (NucliSENS® easyMAG®).
  • Equipos de electroforesis y captación de imagen.
  • Cabinas de PCR.
  • Cabinas de bioseguridad.
  • Estufas de cultivo de células humanas y bacterias.
  • Centrífugas.
  • Congeladores y neveras.
  • "Información básica"!B9 - Ordenadores y software para el análisis de secuencias.

Además, en la Unidad de Genómica del Centro Nacional de Microbiología se dispone de equipos  de secuenciación automática 3700XL DNA Analyzer (Thermo Fisher Scientific) y equipos para secuenciación masiva MiSeq and NextSeq (Illumina).