Research groups - ENFERMEDADES INFECCIOSAS

Laboratorio de Referencia e Investigación en Retrovirus. Unidad de Biología y Variabilidad del VIH.


Investigador responsable: Miguel Thomson Okatsu. mthomson@isciii.es

Body: Instituto de Salud Carlos III. CNM

Investigadores:

  • Sonia Benito Díez. CNM. ISCIII
  • María Teresa Cuevas González-Nicolás. CNM. ISCIII
  • Elena Delgado Blanco. CNM. ISCIII
  • Elena García Bodas. CNM. ISCIII
  • Horacio Gil Gil. CNM. ISCIII
  • Mónica Sánchez Martínez. CNM. ISCIII
  • Epidemiología molecular del VIH-1. Esta línea incluye estudios de filodinámica y filogeografía, caracterización de formas genéticas de VIH-1, identificación de nuevas formas recombinantes circulantes y únicas, identificación de clusters de trasmisión y análisis de correlaciones entre variables epidemiológicas y formas genéticas o clusters del VIH-1. Estos datos pueden ser de utilidad para la implementación de medidas de salud pública destinadas al control de la epidemia de VIH.
  • Resistencias frente a antirretrovirales del VIH-1. La Unidad de Biología y Variabilidad del VIH recibe muestras de diferentes hospitales del Sistema Nacional de Salud para el análisis de mutaciones de resistencia frente a fármacos antirretrovirales, permitiendo el estudio de la frecuencia de resistencias transmitidas y su propagación en clusters de transmisión, información de potencial utilidad en salud pública.
  • Estudios sobre la envuelta del VIH-1. Esta línea incluye la predicción genotípica y testado fenotípico del uso de correceptores por el VIH-1, así como la generación de clones funcionales de la envuelta de diferentes formas genéticas y clusters del VIH-1 para su depósito en repositorios de reactivos del VIH, principalmente destinados a su uso en ensayos de neutralización relacionados con el desarrollo de vacunas.
  • Estudio de características genéticas virales asociadas al control de la replicación del VIH-1 en controladores de élite. En esta línea se analizan secuencias de VIH-1 de infecciones que mantienen cargas virales indetectables de forma persistente, en ausencia de tratamiento antirretroviral, con el fin de determinar las características genéticas virales asociadas al control de la replicación.

Proyectos de Acción Estratégica en Salud Intramural (AESI), Instituto de Salud Carlos III:

  • Estudio sobre vigilancia epidemiológica molecular de la infección por VIH-1 en España (PI16CIII/00033).
  • Epidemiología molecular del VIH-1 en España y su utilidad para investigaciones biológicas y en vacunas (PI19CIII/00042).

 

Proyecto del Plan Nacional I+D+I:

  • Red Española de Investigación en Sida (RD16ISCIII/0002/0004).
  • Delgado E, Benito S, Montero V, Cuevas MT, Fernández-García A, Sánchez-Martínez M, García-Bodas E, Díez-Fuertes F, Gil H, Cañada J, Carrera C, Martínez-López J, Sintes M, Pérez-Álvarez L, Thomson MM. Diverse Large HIV-1 Non-subtype B Clusters Are Spreading Among Men Who Have Sex With Men in Spain. Front Microbiol. 2019; 10:655. F.I.: 4,235. Cuartil: Q2. Categoría: Microbiología.
  • Hemelaar J, Elangovan R, Yun J, Dickson-Tetteh L, Fleminger I, Kirtley S, Williams B, Gouws-Williams E, Ghys PD, WHO–UNAIDS Network for HIV Isolation and Characterisation. Global and regional molecular epidemiology of HIV-1, 1990-2015: a systematic review, global survey, and trend analysis. Lancet Infect Dis. 2019; 19:143-155. F.I.: 24,446. Cuartil: Q1. Categoría: Enfermedades infecciosas.
  • Vega Y, Delgado E, de la Barrera J, Carrera C, Zaballos Á, Cuesta I, Mariño A, Ocampo A, Miralles C, Pérez-Castro S, Álvarez H, López-Miragaya I, García-Bodas E, Díez-Fuertes F, Thomson MM. Sequence Analysis of In Vivo-Expressed HIV-1 Spliced RNAs Reveals the Usage of New and Unusual Splice Sites by Viruses of Different Subtypes. PLoS One. 2016; 11:e0158525. F.I.: 2,806. Cuartil: Q1. Categoría: ciencias multidisciplinares.
  • Fernández-García A, Delgado E, Cuevas MT, Vega Y, Montero V, Sánchez M, Carrera C, López-Álvarez MJ, Miralles C, Pérez-Castro S, Cilla G, Hinojosa C, Pérez-Álvarez L, Thomson MM. Identification of an HIV-1 BG Intersubtype Recombinant Form (CRF73_BG), Partially Related to CRF14_BG, Which Is Circulating in Portugal and Spain. PLoS One. 2016; 11:e0148549. F.I.:2,806. Cuartil: Q1. Categoría: ciencias multidisciplinares.
  • Delgado E, Cuevas MT, Domínguez F, Vega Y, Cabello M, Fernández-García A, Pérez-Losada M, Castro MÁ, Montero V, Sánchez M, Mariño A, Álvarez H, Ordóñez P, Ocampo A, Miralles C, Pérez-Castro S, López-Álvarez MJ, Rodríguez R, Trigo M, Diz-Arén J, Hinojosa C, Bachiller P, Hernáez-Crespo S, Cisterna R, Garduño E, Pérez-Álvarez L, Thomson MM. Phylogeny and Phylogeography of a Recent HIV-1 Subtype F Outbreak among Men Who Have Sex with Men in Spain Deriving from a Cluster with a Wide Geographic Circulation in Western Europe. PLoS One. 2015; 10:e0143325. F.I.: 3,057. Cuartil: Q1. Categoría: ciencias multidisciplinares.
  • Extracción de ácidos nucleicos (ARN y ADN).
  • Amplificación de ácidos nucleicos mediante (RT-)PCR.
  • Secuenciación Sanger y secuenciación masiva.
  • Producción de aislados primarios del VIH-1.
  • Clonaje y testado funcional de envueltas del VIH-1.
  • Predicción genotípica y determinación fenotípica de uso de correceptores por el VIH-1.
  • Determinación genotípica de resistencias a antirretrovirales.
  • Análisis filogenéticos y filodinámicos.
  • Análisis estadísticos de correlaciones epidemiológicas.
  • Laboratorios P2 y P3.
  • Equipos disponibles:
    • Termocicladores
    • Equipo de extracción de ácidos nucleicos (NucliSENS® easyMAG®).
    • Equipos de electroforesis y captación de imagen.
    • Cabinas de PCR.
    • Cabinas de bioseguridad.
    • Estufas de cultivo de células humanas y bacterias.
    • Centrífugas.
    • Congeladores y neveras.
    • 'Información básica'!B9 - Ordenadores y software para el análisis de secuencias.



Además, en la Unidad de Genómica del Centro Nacional de Microbiología se dispone de equipos  de secuenciación automática 3700XL DNA Analyzer (Thermo Fisher Scientific) y equipos para secuenciación masiva MiSeq and NextSeq (Illumina).