• Detección y caracterización de mecanismos de resistencia a antibióticos emergentes, sobre todo a antibióticos de última línea como los antibióticos carbapenémicos y la colistina.
• Caracterización y trazabilidad interregional, mediante el análisis de secuencias de genomas completos (WGS), de clones de alto riesgo con múltiple resistencia a antibióticos, y de plásmidos epidémicos portadores de genes de resistencia.
• Identificación mediante recursos bio-informáticos de posibles dianas para el desarrollo de nuevos productos o moléculas relacionadas con el control de la resistencia a antibióticos (vacunas, pruebas diagnósticas, atenuantes de virulencia y otros).
• Análisis de las tendencias evolutivas de la resistencia a antibióticos en patógenos bacterianos productores de bacteriemia; European Antimicrobial Resistance Surveillance Net (EARS-Net) del ECDC.

• Survey EURGenNetCRAb IP: ECDC. Coordinador en España.
• AESi

  Liderazgo:

  Impacto de Klebsiella pneumoniae multiresistente a antibióticos productora de carbapenemasas en pacientes infectados por SARS-COV-2: Prevalencia y caracterización genómica. MPY 449/21. 80000 €.

  • Estudio comprensivo del impacto de las bacterias multirresistentes productoras de metalo-carbapenemasas a nivel nacional: proyecto multicéntrico nacional CARB/MBL-ES-25. MPY 333/24. 121000 €.

   

  Participación en:

   

  • FIS PI22/01212.Inhibidores de carbapenemasas: actividad frente a Enterobacterales productores de carbapenemasas, mecanismos e impacto en la evolución de la resistencia antimicrobiana (PROTECT), 196.020,00 €. IP: Jorge Arca Suárez 2023-2025
  • FIS PI22/00323. Evolución, diagnóstico y tratamiento de patógenos multiresistentes a los antimicrobianos (RAM): Revolución CRISPR-Cas (RAM-CRISPR). IP: MARIA DEL MAR TOMÁS CARMONA, 720 euros 2023-2025.

• CIBERINFECT

  Coordinación general de la red y proyecto: EI21 1.4. Resistencia antimicrobiana e infección hospitalaria. 97.000,00 € 

• MePRAM

  La medicina de precisión contra la resistencia a antimicrobianos: Proyecto MePRAM.. Jesús Oteo Iglesias. (CNM, ISCIII). 01/01/2023-01/01/2025. 4.339.500 €.

• COOPERA

  Desarrollo y Estandarización de un Banco de fagos para el tratamiento de Infecciones Pulmonares crónicas producidas por Bacterias Multirresistentes (DEBIPhage) (CNM, CNE, CTA). 800.000 €

• TRANSMISIONES

  Terapias de RNA, Inmunoterapia y Diagnóstico Avanzado frente a las Resistencias Antimicrobianas, END-RAM. Coordinadores de la agrupación AEI. Financiación parte AEI 2.004.845 €.

PUBLICACIONES IMIENS (10)

• Cañada-García JE, Grippo N, de Arellano ER, Bautista V, Lara N, Navarro AM, Cabezas T, Martínez-Ramírez NM, García-Cobos S, Calvo J, Cercenado E, Aracil B, Pérez-Vázquez M, Oteo-Iglesias J; Spanish IMP Study Group. Phenotypic and molecular characterization of IMP-producing Enterobacterales in Spain: Predominance of IMP-8 in Klebsiella pneumoniae and IMP-22 in Enterobacter roggenkampii. Front Microbiol. 2022 Sep 28;13: 1000787.
• Cañada-García JE, Moure Z, Sola-Campoy PJ, Delgado-Valverde M, Cano ME, Gijón D, González M, Gracia-Ahufinger I, Larrosa N, Mulet X, Pitart C, Rivera A, Bou G, Calvo J, Cantón R, González-López JJ, Martínez-Martínez L, Navarro F, Oliver A, Palacios-Baena ZR, Pascual Á, Ruiz-Carrascoso G, Vila J, Aracil B, Pérez-Vázquez M, Oteo-Iglesias J; GEMARA/GEIRAS-SEIMC/REIPI CARB-ES-19 Study Group. CARB-ES-19 Multicenter Study of Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli From All Spanish Provinces Reveals Interregional Spread of High-Risk Clones Such as ST307/OXA-48 and ST512/KPC-3. Front Microbiol. 2022 Jun 30; 13:918362.
• Pablo-Marcos A, M. Siller, J. Agüero, A. Alvarez-Justel, S. García-Fernandez, S. Velasco de la Fuente, P. Goicoechea, J. Rodríguez-Lozano, A. Ocampo-Sosa, J. Lucas- Fernandez, M.C. Fariñas, J. Fernandez, P.A. Fraile-Ribot, B. Aracil, J. Oteo- Iglesias, J. Calvo: Are GES carbapenemases underdiagnosed? An allelic discrimination assay for their accurate detection and differentiation. Journal of Microbiological Methods 207 (2023) 106694
• El Mammery A.; Ramírez de Arellano E.; Cañada-García J.E.; Cercenado E.; Villar-Gómara L.; Casquero-García V.; García-Cobos S.; Lepe J.A.; Ruiz de Gopegui Bordes E.; Calvo-Montes J.; Larrosa Escartín N.; Cantón R.; Pérez-Vázquez M.; Aracil B.; Oteo-Iglesias J. An increase in erythromycin resistance in methicillin-susceptible Staphylococcus aureus from blood correlates with the use of macrolide/lincosamide/streptogramin antibiotics. EARS-Net Spain (2004–2020). Front Cell Infect Microbiol. 2024 May 16; 14:1390966
• Cañada-García J.E.; Ramírez de Arellano E.; Jiménez-Orellana M.; Viedma E.; Sánchez A.; Alhambra A.; Villa J.; Delgado-Iribarren A.; Bautista V.; Lara N.; García-Cobos S.; Aracil B.; Cercenado E.; Pérez-Vázquez M.; Oteo-Iglesias J. Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae in COVID-19 Intensive Care Patients: Identification of IncL-VIM-1 Plasmid in Previously Non-Predominant Sequence Types. 2023 Antibiotics 12 107 3 10.3390/antibiotics12010107
• Pérez-Vázquez M, López-Causapé C, Corral-Lugo A, McConnell MJ, Oteo-Iglesias J, Oliver A, Martín-Galiano AJ. Mutation Analysis in Regulator DNA-Binding Regions for Antimicrobial Efflux Pumps in 17,000 Pseudomonas aeruginosa Microorganisms. 2023 Oct 4;11(10):2486.
• Jati A.P., Sola-Campoy P.J., Bosch T., Schouls L.M., Hendrickx A.P.A., Bautista V., Lara N., Raangs E., Aracil B., Rossen J.W.A., Friedrich A.W., Navarro Riaza A.M., Cañada-García J.E., de Arellano E.R., Oteo-Iglesias J., Pérez-Vázquez M., García-Cobos S.Widespread Detection of Yersiniabactin Gene Cluster and Its Encoding Integrative Conjugative Elements (ICEKp) among Nonoutbreak OXA-48-Producing Klebsiella pneumoniae Clinical Isolates from Spain and the Netherlands 2023. Microbiology Spectrum 10.1128/spectrum.04716-22
• Ramírez de Arellano E, Saavedra-Lozano J, Villalón P, Jové-Blanco A, Grandioso D, Sotelo J, Gamell A, González-López JJ, Cervantes E, Gónzalez MJ, Rello-Saltor V, Esteva C, Sanz-Santaeufemia F, Yagüe G, Manzanares Á, Brañas P, Ruiz de Gopegui E, Carrasco-Colom J, García F, Cercenado E, Mellado I, Del Castillo E, Pérez-Vazquez M, Oteo-Iglesias J, Calvo C; Spanish PedGAS-Net/CIBERINFEC GAS Study Group. Clinical, microbiological, and molecular characterization of pediatric invasive infections by Streptococcus pyogenes in Spain in a context of global outbreak. mSphere. 2024 Mar 26;9(3): e0072923.
• Dahdouh E, Gómez-Marcos L, Cañada-García JE, de Arellano ER, Sánchez-García A, Sánchez-Romero I, López-Urrutia L, de la Iglesia P, Gonzalez-Praetorius A, Sotelo J, Valle-Millares D, Alonso-González I, Bautista V, Lara N, García-Cobos S, Cercenado E, Aracil B, Oteo-Iglesias J, Pérez-Vázquez M; Spanish Eco-Carba Study Group. Characterizing carbapenemase-producing Escherichia coli isolates from Spain: high genetic heterogeneity and wide geographical spread. Front Cell Infect Microbiol. 2024 May 16;14:1390966.
• Tania Blanco-Martín, Inmaculada López-Hernández, Belén Aracil García, Lucía González-Pinto, Pablo Aja-Macaya, Isaac Alonso-García, Salud Rodríguez-Pallares, Lucía Sánchez-Peña, Michelle Outeda-García, María Pérez-Vázquez, Juan Carlos Vázquez-Ucha, Alejandro Beceiro, Alvaro Pascual, Germán Bou, Lorena López-Cerero, Jesús Oteo-Iglesias, and Jorge Arca-Suárez.Assessment of the activity and mechanisms of resistance to cefiderocol and combinations of β-lactams and the novel β-lactamase inhibitors avibactam, taniborbactam, zidebactam, nacubactam, xeruborbactam and ANT3310 in emerging double-carbapenemase-producing Enterobacterales. Antimicrob Agents Chemother. 2024 Nov 6;68(11): e0092424. doi: 10.1128/aac.00924-24. Epub 2024 Oct 9. PMID: 39382274; PMCID: PMC11539232.

• Técnicas generales de detección de sensibilidad a anitibióticos ( Difusión en agar disco-placa , Test de Epsilon o E-test y Microdilución. (AA-PT-001, Ed. 10).
• Detección, amplificación y secuenciación de genes de resistencia (PCR clásica o Real-Time PCR).
• Electroforesis de campo pulsado (PGFE) y MLST.
• Secuenciación de genomas completos (Illumina, MinION).
• Análisis bioinfómaticos de ensamblado, anotación, filogenia (SNPs, cgMLS), caracterización de genes de resistencia y virulencia, análisis y reconstrucción de plásmidos.

El Instituto de Salud Carlos III es un Organismo Público de Investigación (OPI) cuya sede oficial se encuentra en la Comunidad de Madrid. El Laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos e Infecciones Relacionadas con la Asistencia Sanitaria (CNM)  dispone de toda la infraestructura necesaria para la manipulación de muestras clínicas y para cultivos microbiológicos, así como los instrumentos necesarios para llevar a cabo todos los objetivos planteados: baños, estufas, centrífugas, agitadores, espectrofotómetros, termocicladores, equipos de electroforesis horizontal para geles de agarosa en campo continuo y en campo pulsante, sistema de interpretación de geles, Bioimage (Millipore); video copy processor y termociclador en tiempo real. También se dispone de ordenadores, programas informáticos y estadísticos, bases de datos, sistema de interpretación de geles y acceso a Internet, instrumentos necesarios para el análisis de resultados.

El Laboratorio receptor también dispone de una amplia colección de aislamientos de bacterias productoras de diferentes tipos de carbapenemasas procedentes de la CAM y de toda la geografía española que podrán ser utilizadas como controles o como comparadores de tendencias evolutivas. Este laboratorio forma parte activa de los programas de calidad del CNM, siendo sometido a auditorias anuales de calidad internas y externas (ENAC). ENAC ha auditado y acreditado parte de las técnicas realizadas en el laboratorio de antibióticos como consta en los informes resultados emitidos.

El Centro Nacional de Microbiología dispone de una amplia infraestructura de apoyo científico y técnico en el campo de la microbiología y biología molecular, que incluye un servicio de secuenciación, equipos de secuenciación automática y una unidad de bioinformática. Recientemente se ha implantado una nueva plataforma Ilumina de secuenciación masiva que consta de un MiSeq y un NextSeq 500. También se dispone de todo el equipamiento para la generación de las librerías y el control de calidad.

El laboratorio está formado por profesionales especialistas en microbiología clínica altamente especializados en la multi-resistencia a antibióticos en bacilos gramnegativos, como así lo avalan sus múltiples publicaciones científicas y su participación en proyectos nacionales e internacionales. Además, es responsable de la coordinación de:

• Red europea de vigilancia de la resistencia a antibióticos EARS-Net.
• Red de Laboratorios para la Vigilancia de los Microorganismos Resistentes (RedLabRA)
• Plan nacional contra la resistencia a antibióticos (PRAN).
• Comité Coordinador de la red de laboratorios para la vigilancia de microorganismos resistentes.
• Coordinación de Proyectos Nacionales (Estudio comprensivo del impacto de las bacterias multirresistentes productoras de metalo-carbapenemasas a nivel nacional: proyecto multicéntrico nacional CARB/MBL-ES-25) y EURGenNetCRAbSurvey 2024CCRE-survey (ECDC).
• Red del ECDC para el control de enfermedades bacterianas prevenibles mediante vacunación (patología invasiva H. influenzae).