• Detección y caracterización de mecanismos de resistencia a antibióticos emergentes, sobre todo a antibióticos de última línea como los antibióticos carbapenémicos y la colistina.
• Caracterización y trazabilidad interregional, mediante el análisis de secuencias de genomas completos (WGS), de clones de alto riesgo con múltiple resistencia a antibióticos, y de plásmidos epidémicos portadores de genes de resistencia.
• Identificación mediante recursos bio-informáticos de posibles dianas para el desarrollo de nuevos productos o moléculas relacionadas con el control de la resistencia a antibióticos (vacunas, pruebas diagnósticas, atenuantes de virulencia y otros).
• Análisis de las tendencias evolutivas de la resistencia a antibióticos en patógenos bacterianos productores de bacteriemia; European Antimicrobial Resistance Surveillance Net (EARS-Net) del ECDC.

• Incidencia y caracterización genómica de Klebsiella pneumoniae y Escherichia coli productores de carbapenemasas aislados en hospitales españoles: Proyecto multicéntrico nacional CARB-ES-2019. IP: Jesús Oteo. Organismo financiador/Convocatoria: Proyecto de Investigación en Salud ISCIII AESi 2018. Duración: 2019-2022. Nº de Expediente: PI18CIII/00030.
• Survey of carbapenem- and/or colistin resistant Enterobacteriaceae (CCRE survey). Organismo financiador: ECDC. IP: ECDC. Coordinador responsable en España: Jesús Oteo, Belén Aracil.
• Desarrollo preclínico de vacunas basadas en ADN plasmídico para la prevención de infecciones por Klebsiella pneumoniae y Acinetobacter baumannii multirresistentes. IP: Michael McConnell, María Pérez Vázquez. Organismo financiador: Proyecto de Investigación en Salud ISCIII AESi 2018. Duración: 2019-2022. Nº de Expediente: PI18CIII/00018
• Impacto de la hospitalización en UCI en el microbioma y resistoma gastrointestinal, estudio de cohorte observacional. IP: Silvia García Cobos. Organismo financiador/Convocatoria: Proyecto Ayudas destinadas a la atracción de talento investigador CAM, 2018. Nº de Expediente: CAM,2018-T1/BMD-11581; ISCII, MPY337/19.
• Impacto de Klebsiella pneumoniae multirresistente a antibióticos productora de carbapenemasas en pacientes infectados por SARSCoV-2: Prevalencia y caracterización genómica.  IP: María Dolores Pérez y Jesús Oteo Iglesias. Organismo financiador/Convocatoria: Proyecto de Investigación en Salud ISCIII (AESi 2021). Duración: 2022-2024. Nº de Expediente: PI21CIII/00039.
• Improving surveillance of antibiotic-resistant Pseudomonas aeruginosa in Europe (ISARPAE). IP: Antonio Oliver Palomo. Organismo financiador/Convocatoria: Proyecto europeo de la JPIAMR NETWORK CALL 2022. Diagnostics and Surveillance Networks. Duración: 2023-2024. Nº de Expediente: JPIAMR_NC_2022-021.
• Bridging of Antimicrobial resistance Surveillance systems In Community Settings across Europe (BASICS). IP: Olivier Lemenand. Organismo financiador/Convocatoria: Proyecto europeo de la JPIAMR NETWORK CALL 2022. Diagnostics and Surveillance Networks. Vigencia: 2023-2024.Nª de Expediente: JPIAMR_NC_2022-020.
• Impacto de la multirresistencia a antibióticos en UCIs: Proyecto MURAM-UCI. IP: Jesús Oteo Iglesias. Organismo financiador/Convocatoria: Proyecto intramural CIBERINFEC 2022. Duración: 2022-2024.

• Pérez-Vázquez M, Sola-Campoy PJ, Zurita ÁM, et al. Carbapenemase-producing Pseudomonas aeruginosa in Spain: interregional dissemination of the high risk-clones ST175 and ST244 carrying bla_VIM-2, bla_VIM-1, bla_IMP-8, bla_VIM-20 and bla_KPC-2. Int J Antimicrob Agents. 2020;106026. Q1, IF: 5,283
• Pérez-Vázquez M, Sola Campoy PJ, Ortega A, Bautista V et al. Emergence of NDM-producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli in Spain: phylogeny, resistome, virulence and plasmids encoding bla_NDM-like genes as determined by WGS. J Antimicrob Chemother. 2019 Dec 1;74(12):3489-3496. Q1, IF: 5,217.
• Pérez-Vazquez M, Oteo-Iglesias J, Sola-Campoy PJ, Carrizo-Manzoni H, et al. Characterization of Carbapenemase-Producing Klebsiella oxytoca in Spain, 2016-2017. Antimicrob Agents Chemother. 2019 May 24;63(6). Q1, IF: 4,715.
• David S, Reuter S, Harris SR, Glasner C, et al. Epidemic of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae in Europe is driven by nosocomial spread. Nat Microbiol. 2019 Nov;4(11):1919-1929. D1, IF: 14,3.
• Grundmann H, Glasner C, Albiger B, et al. Occurrence of carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli in the European survey of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (EuSCAPE): a prospective, multinational study. Lancet Infect Dis. 2017;17(2):153‐163. D1, IF: 27,516.
• Cañada-García JE, Moure Z, Sola-Campoy PJ, Delgado-Valverde M, Cano ME, Gijón D, et al. Multicenter Study of Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli from all Spanish provinces reveals interregional spread of high-risk clones such as ST307/OXA-48 and ST512/KPC-3. Front Microbiol. 2022 Jun 30; 13:918362. doi: 10.3389/fmicb.2022.918362. Q1. FI: 5,6
• Moure Z, Lara N, Marín M, Sola-Campoy PJ, Bautista V, Gómez-Bertomeu F, et al. Interregional spread in Spain of linezolid-resistant Enterococcus spp. isolates carrying the optrA and poxtA genes. Int J Antimicrob Agents. 2020 Jun; 55(6):105977. doi: 10.1016/j.ijantimicag.2020.105977. Q1, IF: 5,283
• Cañada-García JE, Grippo N, Ramirez de Arellano E, Bautista V, Lara N, Navarro AM, et al. Phenotypic and molecular characterization of IMP-producing Enterobacterales in Spain: Predominance of IMP-8 in Klebsiella pneumoniae and IMP-22 in Enterobacter roggenkampii. Front Microbiol. 2022 September 28; 13: 1000787.doi: 10.3389/fmicb.2022.1000787. Q1, FI: 5,6.

• Técnicas generales de detección de sensibilidad a anitibióticos ( Difusión en agar disco-placa , Test de Epsilon o E-test y Microdilución. (AA-PT-001, Ed. 10).
• Detección, amplificación y secuenciación de genes de resistencia (PCR clásica o Real-Time PCR).
• Electroforesis de campo pulsado (PGFE) y MLST.
• Secuenciación de genomas completos (Illumina, MinION).
• Análisis bioinfómaticos de ensamblado, anotación, filogenia (SNPs, cgMLS), caracterización de genes de resistencia y virulencia, análisis y reconstrucción de plásmidos.

Equipo responsable de la coordinación de:

• Red europea de vigilancia de la resistencia a antibióticos EARS-Net.
• Red española de investigación en patología infecciosa REIPI.
• Plan nacional contra la resistencia a antibióticos (PRAN).
• Comité Coordinador de la red de laboratorios para la vigilancia de microorganismos resistentes.
• Proyectos CARBA-ES-2019 (nacional) y CCRE-survey (ECDC).
• Red del ECDC para el control de enfermedades bacterianas prevenibles mediante vacunación (patología invasiva H. influenzae).